Revisando el blog me he dado cuenta que WordPress no muestra todas las etiquetas si las añadimos desde un Widget, tarde sí, pero nunca he tenido tantas etiquetas no me había preocupado, resulta que sólo se muestran un máximo de 45 etiquetas.

En definitiva, que consultando la documentación de WordPress puedes hacer algo parecido al siguiente código.

<?php
$settings = array(
'smallest' => 12, 
'largest' => 24,
'unit' => 'px', 
'number' => 0,  
'format' => 'flat',
'orderby' => 'name', 
'order' => 'ASC',
'exclude' => null, 
'include' => null, 
'link' => 'view', 
'echo' => true ); 

wp_tag_cloud($settings);
?>

La opción 'number' => 0 mostrará todas las etiquetas que tengamos creadas en el blog, el resto básicamente nos permiten modificar el formato.

Colocando el código en la parte que quieras de tu blog podrás mostrar todas las etiquetas creadas. En mi caso, al pie de página del blog.